第二(èr)集中，尼奥（基努(nǔ)·里维(wéi)斯 Keanu Reeves 饰）没(méi)有能从(cóng)内部摧毁(huǐ)“母体”，他(tā)的身(shēn)体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想(xiǎng)却被(bèi)困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这(zhè)个(gè)地方由“火车人”控制墨(mò)菲斯（劳(láo)伦(lún)斯·菲什(shén)伯恩(ēn) Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯(kǎi)瑞(ruì)-安·莫(mò)斯 Carrie-Anne Moss 饰）等(děng)人知(zhī)道(dào)了尼奥的情(qíng)况，在守护(hù)天(tiān)使(shǐ)👼的带领(lǐng)下(xià)， 找(zhǎo)到了“火车人”的控制者梅罗纹(wén)奇，经过(guò)一番激斗，将尼奥救了出(chū)来(lái)。　　此(cǐ)时(shí)，电子(zi)乌贼(zéi)🦑部队对锡安发起了猛(měng)烈(liè)的攻击(jī)，人类组(zǔ)织所(suǒ)有机甲(jiǎ)战(zhàn)士(shì)展开顽(wán)强(qiáng)的抵抗(kàng)，形(xíng)势危(wēi)在旦(dàn)夕(xī)；尼奥和崔妮蒂驾驶(shǐ)了一艘飞船克服重重困难，到达机器城(chéng)市(shì)，尼奥终于见(jiàn)到了机器世界的统治(zhì)者“机器大(dà)帝(dì)”，双(shuāng)方谈判并(bìng)达成(chéng)了协(xié)议(yì)：尼奥除掉(diào)不受(shòu)“母体”控制的史密斯，以换取(qǔ)锡安的和平(píng)。　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系(xì)人类生(shēng)死存(cún)亡的最(zuì)后决斗。