曾(céng)经(jīng)，来(lái)自(zì)海(hǎi)洋的神(shén)秘敌人“塞(sāi)壬(rén)”向(xiàng)人类发起(qǐ)了猛(měng)烈(liè)的进(jìn)攻(gōng)，“碧蓝航线”的少女们凭(píng)借(jiè)着她们钢铁(tiě)般(bān)的意志(zhì)与(yǔ)敌人奋勇作(zuò)战，最终(zhōng)击(jī)败(bài)了对手，守(shǒu)护(hù)了人类。然而(ér)，随(suí)着时间(jiān)的流(liú)逝，碧蓝航线内部(bù)因(yīn)为理念(niàn)的差(chā)异(yì)逐(zhú)渐(jiàn)产(chǎn)生分(fēn)化(huà)，衍生出了名(míng)为“赤(chì)色中轴”大的对立阵(zhèn)营(yíng)。 　　被称(chēng)为“灰色的幽(yōu)灵(líng)”的最强英(yīng)雄企(qǐ)业(yè)（石(shí)川(chuān)由(yóu)依(yī) 配音）、每(měi)天(tiān)都(dōu)迷迷糊糊但关(guān)键时刻意外的顶用(yòng)的拉(lā)菲(fēi)（长(zhǎng)绳(shéng)麻(má)理亚 配音）、虽(suī)然年(nián)纪(jì)不(bù)大但成(chéng)熟体(tǐ)贴的大黄(huáng)蜂(fēng)（山本希(xī)望(wàng) 配音），个(gè)性(xìng)好(hǎo)强但心(xīn)地(dì)善良(liáng)的哈(hā)曼(màn)（伊(yī)藤明(míng)日香 配音），面对动(dòng)荡(dàng)的时局(jú)，当(dāng)这(zhè)些(xiē)少女们再一(yī)次(cì)被推(tuī)上(shàng)战场，会(huì)发生怎样(yàng)的故(gù)事(shì)呢(ne)